Schon vor dem Zweiten Weltkrieg gab es Überlegungen, in Wittmund eine katholische Kirche zu errichten. Im Jahr 1938 erwarb die Pfarrei St. Joseph Neustadtgödens, zu der Wittmund damals gehörte, ein Grundstück an der Bismarckstraße. Eine Baugenehmigung wurde jedoch nicht erteilt. Ab 1940 versammelte sich die katholische Gemeinde für Gottesdienste und das Gemeindeleben in einem Haus in der Brückstraße 13.

Nach dem Krieg, im Jahr 1946, kamen mehrere hundert Menschen nach Wittmund, die aus ihrer schlesischen Heimat vertrieben worden waren. Die bestehenden Gottesdienste reichten nicht mehr aus, weshalb Pastor Fronober sowohl im „Lager West“ in Wittmund als auch in den umliegenden Dörfern Burhafe, Ardorf und Leerhafe die Heilige Messe feierte. 1948 richtete der aus Schlesien vertriebene Priester Erich Fischer im evangelischen Pfarrhaus in Funnix eine Kapelle ein. Sein Seelsorgebereich umfasste auch Carolinensiel und etwa 400 Katholiken. Sonntags wurde der Gottesdienst in der Kirche St. Florian in Funnix gehalten. 1952 wurde dieses Gebiet in die Seelsorgestation Wittmund eingegliedert.

Pastor Fronober in Wittmund war zunächst gegen einen Neubau von Pfarrhaus und Kirche, da er davon ausging, dass viele der Heimatvertriebenen nicht dauerhaft in Wittmund bleiben würden. Der Pfarrer von St. Joseph in Neustadtgödens, Pfarrer Lüning, setzte sich jedoch für den Neubau ein. Nach der Versetzung von Pastor Fronober 1953 konnte das Projekt beginnen.

Zunächst wurde das Pfarrhaus errichtet, in das im März 1954 Pastor Arnold Terveer einzog. Anschließend begann der Kirchenbau. Die benötigten 70.000 DM wurden hauptsächlich durch die Frauenjugend des Bistums Osnabrück, das Bonifatiuswerk, ein Darlehen und den Verkauf des Hauses in der Brückstraße finanziert.

Am 21. November 1954 wurde die Grundsteinlegung gefeiert und im August 1955 das Richtfest. Die Kirche wurde dem heiligen Bonifatius geweiht und zusätzlich der heiligen Hedwig gewidmet, der Schutzpatronin der schlesischen Heimatvertriebenen. Am 13. November 1955 weihte Weihbischof Johannes von Rudloff die Kirche ein.

Die Gottesdienststationen in Carolinensiel, Werdum, Funnix, Burhafe, Ardorf, Leerhafe und Asel sowie später auch Dunum und Neuharlingersiel blieben zunächst bestehen. In Carolinensiel kaufte das Bistum Osnabrück 1957 sogar einen Bauplatz für eine geplante Kapelle, verkaufte das Grundstück aber in den 1980er Jahren wieder. Stattdessen nutzten die Katholiken weiterhin die Friedhofskapelle in Carolinensiel. 1962 wurden die Gottesdienststationen aufgegeben, nachdem Fahrzeuge angeschafft worden waren, um die Katholiken zum Gottesdienst nach Wittmund zu bringen. In den 1980er Jahren wurde die Außenstation Carolinensiel aufgrund der vielen katholischen Urlauber wieder belebt – während der Hauptsaison fand wöchentlich katholischer Gottesdienst in der Deichkirche statt.

Zum 1. Januar 1981 wurde der bisherige Seelsorgebezirk St. Bonifatius Wittmund zur eigenständigen Pfarrei erhoben. Das Pfarreigebiet umfasst seitdem das Gebiet der Stadt Wittmund.

Der Glockenturm wurde im „ostfriesischen Stil“ zusammen mit der Kirche errichtet. Ab 1955 hing dort zunächst eine kleine, von Hand geläutete Zinnglocke aus dem Jahr 1400, die 300 Kilogramm wiegt. Sie trägt die lateinische Inschrift „o rex gloria veni cum pace“ – „König der Ehre, komme mit Frieden“.

1964 erhielt die Gemeinde durch Spenden eine größere Läuteglocke für das Angelusläuten. Diese wurde von der Glockengießerei Monasterium in Münster gegossen, wiegt 824 Kilogramm und trägt die Inschrift „St. Bonifatius ora pro nobis“ – „Heiliger Bonifatius, bitte für uns“. Die Glocken wurden am 9. August 1964 geweiht.

Bei der Erforschung der Gemeindegeschichte stellte sich heraus, dass die kleinere Glocke ursprünglich eine Leihglocke aus Niederschlesien war. Im Jahr 2004 entschied die Pfarrei, diese historische Glocke an ihre Ursprungsgemeinde St. Mariä Himmelfahrt in Leśniów Wielki (Groß-Lessen) zurückzugeben. Diese Entscheidung war vor allem als Zeichen des Friedens und der Versöhnung gedacht.

Die Pfarrei sah darin ein wichtiges Symbol für die weltumspannende katholische Kirche, in der alle Christen den „Leib Christi“ bilden. In diesem einen Leib, so die Überzeugung der Gemeinde, müsse es möglich sein, Grenzen zu überwinden und Versöhnung zu leben.

In den ersten Jahren nach der Kirchenweihe wurde die Ausstattung schrittweise erweitert. 1960 kamen eine neue Kommunionbank, zusätzliche Kirchenbänke, ein Harmonium und liturgische Gewänder dazu.

Mit Pastor Otten begann eine umfangreiche Erneuerung der Kirchenausstattung. 1962 wurde das schlichte Holzkreuz durch ein lebensgroßes Kreuz aus Steineiche ersetzt, das durch Spenden der Gemeindemitglieder finanziert wurde. Es folgte ein neuer Tabernakel und 1963 eine Orgel der Firma Alfred Führer mit sieben Registern, die zunächst auf einer kleinen Empore rechts vom Kircheneingang ihren Platz fand.

1964 wurde der Außenbereich gestaltet: Die Kirchenauffahrt erhielt ein Pflaster, Gottesdiensthinweisschilder und ein Schaukasten vor der Kirche wurden aufgestellt. Im Innenraum kamen eine Herz-Jesu-Statue und neue Beleuchtung hinzu. Für das Pfarrhaus wurde eine Garage gebaut und die Heizung renoviert.

1967 errichtete die Gemeinde auf dem Nordgiebel ein Kreuz mit Hahn als symbolische Mahnung zur Wachsamkeit. Zudem wurden ein Ambo mit den Symbolen der vier Evangelisten und neue Chorstühle angeschafft.

Die folgenden Jahre brachten weitere wichtige Ergänzungen: 1969 wurde die Sakristei neu ausgestattet und eine Krippe angeschafft. Die 32 kleinen Fenster wurden abgedichtet und die Kirche erhielt einen neuen Anstrich.

Im Zuge der Reformen des Zweiten Vatikanischen Konzils wurde die Kirche grundlegend umgestaltet: Ein neuer Altar aus Sandstein kam hinzu, der Tabernakel erhielt einen eigenen Platz hinter dem Altar, und das Ewige Licht bekam eine Konsole. Der Kircheneingang wurde überdacht und der Kirchenplatz neu gepflastert.

1971 folgte eine Dachrenovierung, ein neuer Beichtstuhl wurde angeschafft. 1972 kamen eine Marienstatue und ein neues Taufbecken hinzu.

Da eine erste Renovierung 1970 die grundlegenden Mängel nicht beseitigen konnte, begann 1976 eine große Renovierung. Die 300.000 DM wurden durch Spenden, das Generalvikariat Osnabrück und das Bonifatiuswerk finanziert. Kirchendecke, Fußboden und Heizung wurden erneuert, die Altarwand verklinkert und die Tabernakeltüren mit blauen und grünen Emaillesteinchen sowie einem Text aus dem ersten Korintherbrief neu gestaltet. Im Februar 1977 war die Renovierung abgeschlossen.

Als die Kirche in den 1980er Jahren häufig überfüllt war, wurde 1986 eine Empore eingebaut, auf der die Orgel ihren neuen Platz fand.

1996 stand die nächste Renovierung an, finanziert durch Spenden und das Ortskirchgeld. Die Wände wurden geweißt, ein Läufer im Gang und Teppich im Altarraum verlegt. Der Handarbeitskreis stiftete einen neuen Kreuzweg. 1999 wurde der Innenhof vor der Sakristei gepflastert und ein Brunnen aufgestellt – diese Umgestaltung erfolgte in Eigenleistung der Gemeinde.

Besonders bemerkenswert sind die Kirchenfenster: Das große Rundfenster zeigt die sieben Sakramente. Die ursprünglich 32 kleinen Fenster wurden durch große Fenster ersetzt, die unter dem Motto „Gott ist uns immer nahe“ stehen. Die rechte Fensterseite zeigt biblische Motive, die linke gegenwartsorientierte. Das große Fenster neben dem Altar ist dem heiligen Bonifatius gewidmet und zeigt unter anderem die St. Bonifatius-Kirche selbst. Gestaltet wurden die Fenster von Theo Landmann aus Osnabrück.

Anlässlich des 50-jährigen Kirchenjubiläums wurde 2005 der Altarstein mit einer neuen Reliquie ausgestattet. Der Pfarrgemeinderat entschied sich für Reliquien der heiligen Marie Amandine, die mit bürgerlichem Namen Pauline Jeuris hieß.

Die Heilige wurde am 28. Dezember 1872 in Belgien geboren und trat der Gemeinschaft der Franziskanischen Missionare Marias bei. Ab 1899 leitete sie mit sechs anderen Schwestern eine chinesische Missionsstation, die ein Waisen- und Krankenhaus umfasste. Ihr besonderes Engagement galt den Waisen und Kranken.

Am 9. Juli 1900 wurde sie zusammen mit anderen Christen enthauptet. Die 120 chinesischen Märtyrer wurden 1946 von Papst Pius XII. seliggesprochen und im Jahr 2000 von Papst Johannes Paul II. heiliggesprochen. Der Gedenktag ist ihr Todestag, der 9. Juli.

Der Pfarrgemeinderat wählte Pauline Jeuris bewusst aus, da sie die Gemeinde daran erinnert, „dass wir heute als Christen aufbauen von Generationen von Christen vor uns, die den Glauben in Wort und Tat weitergegeben haben.“ Sie legte durch ihr Leben in Freude und Armut sowie durch ihr diakonisches Handeln Zeugnis für das Evangelium Jesu Christi ab. Besonders ihr selbstloser Dienst an den Bedürftigen war ein wichtiges Motiv für die Entscheidung, da dieser diakonische Aspekt alle Christen anspricht und herausfordert.

Im Februar 1971 wurde der erste Gemeinderaum eingeweiht, der direkt an die Kirche angebaut wurde. Die Finanzierung erfolgte durch das Bistum und das Bonifatiuswerk. Der Raum bot Platz für einen Gruppenraum mit 30 Sitzplätzen sowie eine Küche und Toiletten.

1986 erwarb die Pfarrei ein benachbartes Grundstück. Dort begann 1988 der Bau eines größeren Gemeindehauses, das im Februar 1990 eingeweiht wurde. Die erforderlichen 500.000 DM wurden durch die Stadt Wittmund, den Landkreis, das Land Niedersachsen, das Generalvikariat Osnabrück und das Bonifatiuswerk aufgebracht. Das neue Gemeindehaus wurde durch einen offenen Kreuzgang mit der Kirche verbunden, dessen Weg die Gemeinde in Eigenleistung pflasterte. Ursprünglich war geplant, dort eine St.-Bonifatius-Statue aufzustellen, was jedoch aus finanziellen Gründen nicht verwirklicht werden konnte.

Im Jahr 2000 kaufte die Pfarrei das Gelände und Gebäude der ehemaligen Tischlerei Dübbel neben dem Kirchplatz. Der Kauf wurde vom Bistum Osnabrück und dem Bonifatiuswerk unterstützt. Viele Gemeindemitglieder beteiligten sich unter der Anleitung von Theodor Schlünder am Umbau des Gebäudes.

Das sogenannte „Boni-Haus“ und das dazugehörige Grundstück wurden 2018 an das Stephanswerk verkauft. Das Gebäude wurde im April 2018 abgerissen.